cfMeDIP-seq,一种高灵敏度地检测cfDNA的甲基化特征的技术

cfDNA是肿瘤早筛的研究对象重要突破口,但cfDNA数量有限,敏感度低。

2018年11月15日,Nature发表了一项液体活检最新成果。来自加拿大玛格丽特公主癌症中心及多伦多大学的研究团队开发了一种基于免疫共沉淀的新型高通量cfDNA甲基化测序技术,名为甲基化cfDNA免疫共沉淀测序(cfMeDIP-seq)。该技术仅需几纳克DNA就能高灵敏度地检测cfDNA的甲基化特征,帮助研究人员早期发现癌症,还能鉴别不同癌症类型特有的DNA甲基化特征。
为了突破现有血液检测技术的限制,玛格丽特公主癌症中心Daniel De Carvalho博士团队用免疫共沉淀技术与高通量测序结合,通过对cfDNA中的甲基化DNA片段(富含CpG区域)进行特异性富集,以此提高检测效率,开发了分析低水平甲基化DNA的cfMeDIP-seq技术。

事实上,该研究团队并不是唯一一个研究早期癌症甲基化检测或其他表观遗传变化的团队,该领域的很多商业化公司也将甲基化检测纳入了研究范畴,如国际上Grail、Freenome,国内鹍远基因、泛生子、世和基因、燃石等NGS主流公司。但由于血浆cfDNA的丰度较低并且碎片化程度较高,相关检测研究仍存在较大的挑战。虽然有科学家尝试利用WGBS进行甲基化的检测,但遗憾的是亚硫酸盐转换会导致约84-96%的DNA损伤和降解,并且在成本、信息覆盖和检测效率方面并不尽如人意。

更多阅读
Nature重磅发布新型甲基化检测技术!仅需几纳克DNA就可检测早期癌症
http://www.seqchina.cn/8499.html
Sensitive tumour detection and classification using plasma cell-free DNA methylomes
https://www.nature.com/articles/s41586-018-0703-0

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