scATAC-Seq,一种加速单细胞测序的技术发布190624

scATAC-Seq,全称single-cell Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing,由哈佛大学HSCRB研究者和Bio-Rad Laboratories联合在2019年6月24日Nature Biotechnology发布。

scATAC-Seq是在2013年斯坦福大学William J. Greenleaf、Jason Buenrostro和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质可及性的ATAC-Seq技术基础上开发的测序技术,ATAC-Seq原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性,然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序。

ATAC-seq可识别DNA的哪些部分被解开,从而能有蛋白接近进行调控,其每次反应可以分析100个细胞,而新方法可以将这个数字扩大到了50000个。

对于单细胞测序中分离细胞这一挑战,scATAC-Seq使用ddSEQ和Bio-Rad的Droplet Digital技术解决,简而言之就是在仪器的一个通道中放置一个细胞,另一个通道添加一种微珠,每个珠子都有一个条形码标签。它们相遇的地方有油,因此会形成液滴。每个液滴都包含一个细胞和一个微珠。这样可以添加很多细胞,获取单独标记细胞的数据。其细胞捕获效率达到95%。

参考阅读
https://news.harvard.edu/gazette/story/2019/06/new-atac-seq-method-from-harvard-accelerates-single-cell-research
https://www.selectscience.net/product-news/bio-rad-launches-its-scatac-seq-solution?artID=49297/
https://www.nature.com/articles/s41587-019-0147-6
http://www.ebiotrade.com/newsf/2019-6/2019624164154659.htm

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